Подающий надежды столичный следователь Олег Хлебников целенаправленно убивает преступника при задержании. Для тех, кто совершил нечто ужасное, тюрьма — слишком мягкое наказание, считает он. Погибший оказывается известной персоной, все произошедшее называют несчастным случаем, а следователя ссылают на службу в глухой таежный город. Здесь Хлебников обнаруживает след серийного убийцы, который всегда оставляет цветы зверобоя на местах преступлений.
Во втором сезоне «Зверобоя» история о поисках маньяков в таежной глубинке продолжается. Хлебников вынужден скрываться от преследователей под видом метеоролога. Серийного убийцу поймали, но и на самого Олега началась охота. Чтобы скрыться от преследования, он поселился в далеком северном городке Обручев, где неподалеку живет древний народ унче. И снова происходит серия жестоких убийств с ритуальными элементами. Один из подозреваемых — знакомый Хлебникова. Старейшины народа унче уверены: пробудился древний дух, а Хлебников начинает собственное расследование, чтобы помочь товарищу, разобраться с врагами и найти истинного убийцу.